Z momentem złożenia oświadczenia o ustanowieniu fundacji rodzinnej albo ogłoszenia testamentu, w którym zawarte jest takie oświadczenie, powstaje fundacja rodzinna w organizacji.

Fundacja rodzinna w organizacji jest szczególnym podmiotem, funkcjonującym w okresie pomiędzy zawarciem aktu założycielskiego fundacji rodzinnej a wpisaniem jej do rejestru. Aktualnie szacuje się, że wpis do rejstru fundacji rodzinnej wynosi od 3 do 4 miesięcy.

Fundacja rodzinna w organizacji może zarządzać posiadanym majątkiem i może nabywać nowe mienie, zaciągać zobowiązania, pozywać i być pozywaną. W tym zakresie sytuacja fundacji rodzinnej w organizacji nie odbiega znacząco od statusu fundacji rodzinnej wpisanej do rejestru.

Nie oznacza to jednak, że fundacja rodzinna w organizacji działa tak samo jak fundacja rodzinna wpisana do rejestru. W tym okresie fundacja rodzinna w organizacji charakteryzuje się odmiennym statusem, który przejawia się poprzez:

1. nazwę –zawiera dodatkowe oznaczenie „w organizacji”;

2. reprezentację – fundacja rodzinna w organizacji reprezentowana jest przez fundatora lub pełnomocnika powołanego przez fundatora albo w przypadkach wskazanych w ustawie – przez zarząd. Przykładem powołania pełnomocnika przez zarząd jest sytuacja powołania fundacji rodzinnej przez fundatora w testamencie. W wypadku gdy fundator zmarł, reprezentacja – a co za tym idzie, uprawnienie do wyboru pełnomocnika do reprezentacji fundacji rodzinnej w organizacji – spoczywa właśnie na zarządzie;

3. odpowiedzialność – odpowiedzialność osób reprezentujących fundację rodzinną w organizacji, tj. fundatora, członków zarządu lub pełnomocnika, ustaje z chwilą zatwierdzenia podjętych czynności uchwałą zarządu, a w przypadku czynności zarządu – z chwilą zatwierdzenia czynności przez podmiot wskazany w statucie fundacji rodzinnej.

Rozwiązanie fundacji rodzinnej w organizacji następuję, gdy w terminie sześciu miesięcy od dnia sporządzenia aktu założycielskiego albo otwarcia i ogłoszenia testamentu, fundacja rodzinna nie zostanie wpisana do rejestru fundacji rodzinnych. Rozwiązanie następuję również na skutek uprawomocnienia się postanowienia sądu rejestrowego odmawiającego rejestracji.

Kolejną negatywną konsekwencją związaną z brakiem wpisania fundacji rodzinnej w organizacji do rejestru w terminie sześciu miesięcy od jej powstania jest utrata przysługującego fundacji rodzinnej w organizacji prawa do zwolnienia z podatku od dochodów osób prawnych (CIT). Utrata prawa do zwolnienia z CIT następuję z mocą wsteczną, tj. od dnia powstania fundacji rodzinnej w organizacji, co powoduje wsteczne opodatkowanie i konieczność rozliczenia się z należnego podatku.