Fundacja rodzinna będzie podlegała cyklicznym audytom, tj. co najmniej raz na cztery lata. Audyt będzie przeprowadzany częściej, jeżeli sprawozdanie finansowe danej fundacji rodzinnej będzie podlegać badaniu zgodnie z przepisami ustawy o rachunkowości. W takiej sytuacji sprawozdanie finansowe fundacji rodzinnej będzie podlegało co do zasady corocznemu badaniu.

Audyt przeprowadzany jest przez firmę audytorską albo zespół audytorów wyznaczony przez zgromadzenie beneficjentów – co należy do kompetencji tego organu (art. 72 pkt 4 ustawy o fundacji rodzinnej). Ustawodawca przewidział również, z jakiego rodzaju specjalistów składać się ma firma audytorska albo zespół audytorów dokonujący audytu fundacji rodzinnej. Mianowicie w skład audytorów muszą wchodzić łącznie: biegły rewident, doradca podatkowy, adwokat lub radca prawny.

Audytor nie może np. świadczyć usług na rzecz fundacji rodzinnej, być członkiem organu fundacji rodzinnej, być pracownikiem fundacji rodzinnej czy świadczyć usług na rzecz podmiotów (spółek) zależnych od fundacji rodzinnej.

Audytowi podlegać będą następujące obszary związane z funkcjonowaniem fundacji rodzinnej: zarządzanie aktywami fundacji rodzinnej, zaciąganie i spełnianie zobowiązań, w tym zobowiązań publicznoprawnych, pod kątem prawidłowości, rzetelności, zgodności z prawem, celem oraz dokumentami fundacji rodzinnej (art. 77 ust. 1 ustawy o fundacji rodzinnej).

Po przeprowadzonym audycie sporządzany jest raport, który następnie przekazywany jest do zarządu. Z kolei zarząd obowiązany jest przedstawić niniejszy raport radzie nadzorczej, a w przypadku jej nieustanowienia – zgromadzeniu beneficjentów na najbliższym posiedzeniu (art. 81 fundacji rodzinnej).