Fundacja rodzinna jako podmiot prawny posiadający osobowość prawną jest również podmiotem podlegającym opodatkowaniu. Mianowicie w zależności od rodzaju wykonywanej działalności, a także posiadanych aktywów może być podatnikiem różnego rodzaju podatków tj. dochodowych, VAT, od nieruchomości, rolnego, leśnego, przychodów z budynków, a w przypadku zatrudniania osób fizycznych również płatnikiem podatku dochodowego i składek zdrowotnych i ubezpieczeniowych, z tego tytułu.

Celem przybliżenia tematyki poświęconej opodatkowaniu fundacji rodzinnej, należy podzielić „życie” fundacji rodzinnej na trzy etapy: zawiązania i wnoszenia majątku, bieżącego funkcjonowania i rozwiązania. Każdy z powyższych trzech cykli będzie charakteryzował się potencjalnie różnego rodzaju obciążeniami, bądź zwolnieniami podatkowymi.

Pozostając w ogólnej charakterystyce opodatkowania fundacji rodzinnej pokreślić należy, że fundacja rodzinna, co do zasady jest zwolniona podmiotowo z podatku dochodowego CIT, przy czym stosowne zwolnienie dotyczy wyłącznie tzw. preferowanej działalności gospodarczej, określonej w art. 5 ustawy o fundacji rodzinnej. Kluczowe zatem będą źródła przychodów uzyskiwanych przez fundację rodzinną. W przypadku wykonywania przez fundację rodzinną działalności poza zakresem określonym w ww. artykule, wówczas stawka podatku CIT wynosić będzie 25 % CIT

Natomiast zwolnienie w podatku CIT nie dotyczy przekazanego lub pozostawionego do dyspozycji przez fundację rodzinną bezpośrednio lub pośrednio (i) świadczenia na rzecz beneficjentów (i) mienia związanego z rozwiązaniem fundacji rodzinnej (iii) świadczenia w postaci ukrytych zysków. Podatek dochodowy wynosi 15 % CIT podstawy opodatkowania, tj. przychodu odpowiadającego wartości przekazanego świadczenia lub mienia związanego z rozwiązaniem fundacji (przy czym pomniejsza się go o tzw. wartość podatkową).

Posiadanie statusu VAT przez fundację rodzinną nie oznacza jednak, że wszelkie działania podejmowane przez fundację rodzinną są działaniami związanymi z VAT. Natomiast bycie czynnym podatnikiem VAT oznacza prawo do realizacji prawa do odliczenia naliczonego VAT.